L'Islam arriva en Egypte et dans le reste du continent africain en 640 après JC avec le Général Amr Ibn Al-Aas du Califat islamique Rashidun. La religion islamique était naissante, étant apparue quelques décennies auparavant avant de s'étendre rapidement avec l'influence du Califat Rashidun, formé après la mort de Mahommet en 632 après JC. A cette époque, la Chrétienneté copte était devenue la religion dominante, surpassant celle de l'Egypte Antique.
En 640 après JC, l'armée musulmane fit le siège du fort de Babylone, dont les ruines sont encore visibles de nos jours dans le quartier copte du Caire. Après avoir conquis le fort en 641 après J.C, Amr Ibn Al-Aas marcha en direction d'Alexandrie, la faisant capituler après un long siège. Les Musulmans prirent alors les rênes de l'Egypte.
Sur les ordres du Calife Umar, de retour dans la capitale musulmane Medine, les Egyptiens chrétiens furent bien traités sous le règne de ces nouveaux dirigeants. Ils étaient redevables d'une taxe en échange de la dispense accordée pour le service militaire et de la possibilité de pratiquer leur religion librement, système communément en vigueur en Egypte sous les Perses, les Romains et les Byzantins. En fait, les Egyptiens coptes ont souffert de persécutions sous le règne Byzantin du fait de divergences théologiques entre l'Eglise Byzantine Orthodoxe et il est à penser que les Egyptiens ont alors accueilli les musulmans comme des libérateurs.
Amr Ibn-Al-Aas est reconnu comme l'un des personnages les plus importants dans l'Histoire de l'Egypte du fait qu'il est celui qui a introduit l'Islam dans le pays. Il fonda une nouvelle cité juste au nord du fort romain de Babylone, appelé Fustat. Aujourd'hui, l'emplacement de la mosquée Amr Ibn Al-Aas indique ce site ancien. Sa structure a été rénovée à plusieurs reprises et aucune de ses structures d'origine n'a perduré. Cependant, l'édifice reste la plus ancienne mosquée d'Egypte et du continent africain.