La période islamique
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Après une période gréco-romaine longue de presque mille ans, cette dernière prit fin subitement en 641 après JC quand les musulmans arabes, menés par Amr Ibn Al-Aas prirent d'assaut Alexandrie. L'Islam n'était encore qu'une religion récente, de quelques décennies. Le Prophète Mahommet est mort en 632 après JC, laissant la communauté, dans la Péninsule Arabique, sous le contrôle de ses successeurs et compagnons, qui supervisèrent l'expansion du Calife Rashidun pour le contrôle de l'Afrique du Nord, du Levant et de la Perse dès 661 après JC.
L'arrivée de l'Islam en Egypte arriva à un moment opportun. L'Egypte venait d'être récupérée par l'Empire Byzantin, après une rapide occupation par l'Empire Perse Sassanide. Sous l'occupation de gouverneurs byzantins, la communauté chrétienne copte, en majorité dans le pays, subissait des persécutions, en raison de désaccords théologiques entre l'église copte et les Byzantins. Le zèle des Byzantins pour éradiquer cette divergence théologique en Egypte facilita l'acceptation de la conquête musulmane par les chrétiens égyptiens, le Calife Rashidun ne demandant aux non-musulmans des pays conquis uniquement de payer une taxe en échange du service militaire de l'armée du Calife.
Après avoir conquis l'Egypte, Amr Ibn Al-Aas fonda une nouvelle capitale appelée Fustat pour asseoir son contrôle, à l'endroit même où son armée campa durant le siège du fort Romain de Babylone. Les ruines du fort et de la mosquée peuvent aujourd'hui encore être visités dans le quartier du Caire copte, le Vieux Caire. L'Egypte resta sous le contrôle de différents gouvernements musulmans jusqu'à notre époque moderne. Le Calife Rashidun céda sa place au Califat des Omeyyades, basé à Damas. Au 8ème siècle, le Califat des Abassides se forma, à Bagdad, après une révolte contre les Omeyyades. Au 9ème siècle, le Califat des Fatimides, originaire de l'actuelle Tunisie, prit violemment le contrôle de l'Egypte aux Abassides et établit sa nouvelle capitale à Al-Qahira, dont le nom moderne du Caire tire son origine. En 1171, les Fatimides cédèrent la place au Califat des Ayyoubides, fondé par le célèbre général des croisades, Salah al-Din.
Malgré tous ces changements de gouvernements, l'Egypte conserva une place importante dans le monde musulman. Comme sous le règne des Romains et des Grecs, la Vallée du Nil avait une importance économique majeure, comme cela de producteur de céréales. De plus, sous les Fatimides et les Ayyoubides, l'Egypte et sa capitale, Le Caire, avait une importance géographique et politique majeure. Les magnifiques édifices encore visibles dans le quartier du Caire islamique sont une marque de cette richesse et de cette importance qu'a pris Le Caire en tant que capitale de ces gouvernements. Au cours de ces siècles, les habitants ont également évolué en même temps et avec les gouvernements. Progressivements, les Egyptiens se sont convertis à l'Islam. A cette époque, la taxe qui incombait aux non-musulmans était très forte, contrastant avec le traitement clément dont ils bénéficiaient avec le Calife Rashidun, n'incitant alors pas à la conversion religieuse. Le phénomène de conversion prit une grande ampleur particulièrement durant les croisades, quand le conflit entre les chrétiens d'Europe et les musulmans fit naître la religion comme fait politique. Toutefois, il reste difficile de dire à quel moment l'Islam devança la Chrétienneté comme première religion pratiquée en Egypte.