Salah Al-Din, connu aussi sous le nom de Saladin par les historiens européens, renversa la Dynastie Fatimide en 1171, établissant le nouveau Califat sunnite ayyoubide. Compte tenu de la menace d'invasion par les croisés, Saladin décida de renforcer les fortifications de la ville. En 1176, il entama la construction d'un mur qui encerclerait à la fois Al-Qahira et Fustat, respectivement les actuels Caire islamique et Vieux Caire. La Citadelle devint le lieu central à l'intérieur de ces fortifications, protégeant la ville au niveau des hautes collines rocheuses de Moqqatam. Achevée en 1183, la Citadelle de Saladin fut le siège du gouvernement pendant 700 ans jusqu'à ce que le Khédive Ismail le déplace au Palais Abdin, construit dans le centre-ville du Caire dans les années 1870.
L'apparence de la Citadelle est différente aujourd'hui de celle d'origine, alors forteresse de défense contre les armées des croisés. Elle a été agrandie et remodelée par les différents dirigeants. Au 14ème siècle, le Sultan Al-Nasir Mohammed y construisit une mosquée, qui porte toujours son nom, ainsi que l'enceinte sud du fort, à côté des murs édifiés par Saladin. Les changements les plus notables eurent lieu au 19ème siècle, lorsque Mohammed Ali prit le pouvoir. Il était déterminé à effacer toute trace de l'influence des Mamelouks, qui ont contrôlé l'Égypte pendant six siècles avant lui. Il fit démolir leurs palais situés dans la forteresse. Il fit construire également un des monuments les plus reconnaissables au Caire, la Mosquée en albâtre, construite en mémoire de son fils décédé et qui domine le reste du site. Cette mosquée est le point culminant de la partie est du
Caire.
Avec les deux mosquées, la Citadelle abrite également le Musée national militaire, qui contient de nombreux uniformes et armes présents tout au long de l'histoire de l'Égypte, ainsi que le Musée de la police et d'autres musées hébergés au Palais de Mohammed Ali. Une troisième mosquée existe également au niveau de l'enceinte nord, derrière le Musée national militaire, la mosquée de Souleiman Pacha. Elle est plus petite que les mosquées de Mohammed Ali ou d'Al Nasir, mais elle est néanmoins finement décorée et ornée et reste un bel exemple de style ottoman.
La vue sur Le Caire est ici une des plus belles. À cet endroit, il est possible de se rendre compte que la "ville aux mille minarets" porte bien son nom. Par temps clair, on peut même distinguer le contour des Pyramides de Gizeh.